Кровля медицинских учреждений должна отвечать гигиеническим и экологическим требованиям. Медицинские учреждения также лучше всего подходят для устройства на них эксплуатируемых кровель. 

Для устройства кровли медицинского учреждения приходится выбирать кровельные материалы с особой тщательностью, так как в этом случае важна идеальная чистота. Из современных материалов таким условиям отвечают кровельные сандвич-панели, покрытые PVDF – полифторидом винилидена. Такое покрытие отличает химическая и высокая механическая стойкость, твердость и хорошее сопротивление нагрузке  при отрицательных температурах. Сандвич-панели легко монтируются на крыше с помощью специальных замков, обеспечивающих высокую плотность соединения и делающих невозможным появление мостиков холода. Российский гигиенический сертификат, подтверждающий экологическую безопасность, получил и такой известный кровельный материал, как ондулин, который давно и успешно применяется как в жилищном, так и в промышленном строительстве. Очень важно, что ондулин отличается повышенной устойчивостью к воздействию микроорганизмов, бактерий и грибков всякого рода. Кровлю небольших медицинских учреждений часто выполняют из металлочерепицы. Может быть также использована цементно-песчаная черепица, по долговечности почти не уступающая натуральной, но значительно легче ее. Однако во всех этих случаях необходимо устройство стропильной системы, значительно увеличивающей общую стоимость кровли.

Сегодня уже есть примеры инновационных решений в архитектуре медицинских учреждений. Ими стали так называемые эксплуатируемые кровли, на которых могут размещаться прогулочные площадки и участки озеленения. Это создает особые условия для скорейшего выздоровления пациентов, надолго запертых в своих больничных палатах. Вместе с тем, устройство эксплуатируемой кровли – сложная с инженерной точки зрения техническая задача, требующая неукоснительного соблюдения норм паро-, гидро- и  теплоизоляции. Кроме того, есть определенные ограничения при устройстве эксплуатируемых кровель, состоящие в том, что никакое стационарное оборудование на них устанавливать нельзя. Элементы декора и обустройства должны быть передвижными, чтобы их можно было оперативно убрать. Можно установить только легкое оборудование, например, это может быть передвижная металлическая мебель.